結論：医療費控除とセルフメディケーション税制の違いは「対象範囲と足切り額」です
確定申告の時期になると、よく出てくる「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」。結論から言うと、両者の違いは「対象になる医療費の範囲」と「足切り（自己負担）の額」です。医療費控除は10万円超の医療費全般（病院・薬局・通院費）を対象、セルフメディケーション税制は1万2,000円超のスイッチOTC医薬品の購入費が対象、という違いがあります。
正直なところ、2つは併用できません。どちらか有利なほうを選ぶ必要があるので、自分の年間医療費に応じて使い分けるのがコツです。この記事では、両者を表で比較し、年間医療費別の選び方フローチャートまで整理します。
医療費控除 vs セルフメディケーション税制 比較表
| 項目 | 医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 対象になる支出 | 病院・歯科・薬局・通院費・出産費用など医療費全般 | スイッチOTC医薬品（指定された市販薬） |
| 足切り額（自己負担） | 10万円（または所得の5%の低い方） | 1万2,000円 |
| 控除上限 | 200万円 | 8万8,000円 |
| 申請条件 | 家族分の医療費を合算可能 | 健康診断・予防接種など「健康増進の取組」が必要 |
| 申請方法 | 確定申告で「医療費控除の明細書」を提出 | 確定申告で「セルフメディケーション税制の明細書」を提出 |
| 領収書の保管 | 5年間 | 5年間 |
| 併用 | 不可（どちらか一方のみ） | 不可（どちらか一方のみ） |
| 対象期間 | 1月1日〜12月31日 | 1月1日〜12月31日 |
ポイントは、セルフメディケーション税制は対象が「指定された市販薬」に限られること。パッケージに「セルフメディケーション税控除対象」のマークがあるか、レシートで識別可能です。
医療費控除とは — 「10万円超の医療費」が対象
医療費控除は、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費の合計が10万円を超えた場合、その超えた金額を所得から控除できる制度です。家族（生計を一にする配偶者・子・親）の分も合算できるのが大きなポイント。
計算式は次の通り：
医療費控除額 =（支払った医療費の合計 − 保険金などで補填される金額）− 10万円（総所得200万円未満の人は所得×5%）
| 医療費控除の対象 | 対象外 |
|---|---|
| 病院・歯科の診療費・治療費 | 美容整形・健康診断費（治療を伴わない場合） |
| 処方薬・市販薬（治療目的） | サプリメント・健康食品 |
| 通院の交通費（公共交通機関） | 自家用車のガソリン代・駐車場代 |
| 出産費用・不妊治療 | 里帰り出産の交通費 |
| はり・きゅう・あんま（治療目的） | 疲労回復目的のマッサージ |
| 介護保険サービス（医療系） | — |
セルフメディケーション税制とは — 「市販薬1万2,000円超」が対象
セルフメディケーション税制（特定一般用医薬品等購入費の所得控除）は、健康診断や予防接種を受けている人が、指定されたスイッチOTC医薬品を年間1万2,000円超購入した場合に使える制度です。控除上限は8万8,000円。
計算式は次の通り：
控除額 =（スイッチOTC医薬品の購入額 − 保険金などで補填される金額）− 1万2,000円（上限8万8,000円）
「健康増進の取組」として認められる例：
- 会社の定期健康診断
- 市区町村のがん検診・特定健診
- インフルエンザ予防接種
- 市区町村の人間ドック
どっちを選ぶ？ 年間医療費別フローチャート
| 年間医療費の状況 | おすすめの制度 | 理由 |
|---|---|---|
| 医療費10万円未満／市販薬1万2,000円未満 | どちらも対象外 | 申請しても控除なし |
| 医療費10万円未満／市販薬1万2,000円〜 | セルフメディケーション税制 | 市販薬だけで活用可能 |
| 医療費10万円超／市販薬少額 | 医療費控除 | 医療費全般が対象、上限が高い |
| 医療費10万円超／市販薬も多額 | 医療費控除（基本） | 上限8万8,000円のセルメより有利 |
| 医療費7万円＋市販薬5万円 | 個別計算で有利な方 | セルメ＝5万−1.2万＝3.8万、医療費控除＝7万＋5万−10万＝2万。セルメ有利 |
境界線上のケースでは両方を計算してみるのが確実です。家族分の医療費を合算できる医療費控除が有利になりやすいですが、独身で病院にあまり行かず市販薬が中心の人はセルフメディケーション税制が有利になることもあります。
控除でどれくらい税金が戻る？
控除額がそのまま戻ってくるわけではなく、控除額×税率が節税額になります。
| 所得税率 | 医療費控除20万円の場合の還付 | セルメ8.8万円の場合の還付 |
|---|---|---|
| 10% | 所得税2万円＋住民税2万円＝約4万円 | 所得税8,800円＋住民税8,800円＝約1.76万円 |
| 20% | 所得税4万円＋住民税2万円＝約6万円 | 所得税1.76万円＋住民税8,800円＝約2.64万円 |
| 33% | 所得税6.6万円＋住民税2万円＝約8.6万円 | 所得税2.9万円＋住民税8,800円＝約3.78万円 |
所得税率が高い人ほど節税効果が大きくなるので、高収入の方こそ忘れずに申請したいところです。年収別の税率は所得税と住民税の違いで確認できます。
申請方法 — 確定申告での書き方
どちらの制度も、会社員の場合は確定申告で申請する必要があります（年末調整では対応不可）。
- マイナポータル連携で医療費の自動取得も可能
- 領収書は提出不要（5年間自宅保管）
- e-Taxでスマホからも申告可能
家計全体の見直しは年間固定費シミュレーターでチェックしておきましょう。
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よくある質問
Q. 医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できますか？
A. いいえ、併用はできません。同じ年については、どちらか一方を選んで申告する必要があります。自分の年間医療費の構成を見て、有利な方を選びましょう。
Q. 10万円を超えていないと医療費控除は使えませんか？
A. 原則は10万円超ですが、総所得金額が200万円未満の人は「所得×5%」を超えていれば対象になります。たとえば総所得150万円の人は、7.5万円を超えていれば医療費控除が使えます。
Q. セルフメディケーション税制の「健康増進の取組」とは何ですか？
A. 会社の定期健康診断、市区町村のがん検診・特定健診、インフルエンザ予防接種などが該当します。申告時にその証明として、健診の結果通知書や領収書を保管しておく必要があります（提出は不要）。
Q. 家族の医療費もまとめて申請できますか？
A. はい、生計を一にする配偶者・子・親などの医療費は家計の主たる収入者が合算して申告できます。所得税率が高い人がまとめて申告するほうが節税効果は大きくなります。
Q. 通院の交通費は対象になりますか？
A. 公共交通機関（電車・バス）の通院費は医療費控除の対象になります。ただし、自家用車のガソリン代・駐車場代・タクシー代（緊急時を除く）は原則対象外です。
※控除額・要件は2026年5月時点の制度に基づく目安です。最新の制度は国税庁の公式情報でご確認ください。