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確定申告 vs 年末調整 — 違いは?どっちが必要?会社員でも確定申告すべきケースを解説【2026年】

年末調整は会社が代行、確定申告は自分で申告。会社員でも確定申告が必要な6つのケースと、確定申告で得する5つのパターン。

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年末調整と確定申告、何が違うの?

「年末調整と確定申告って結局何が違うの?」「会社員は年末調整だけでいいんでしょ?」と思っている方、正直なところ確定申告をしないと損するケースがかなり多いんですよ。

一言で言えば、年末調整は「会社がやってくれる簡易版」、確定申告は「自分でやる完全版」です。年末調整では対応できない控除がいくつかあり、それを見逃すと数万円の税金を多く払っていることになります。

比較表で一目瞭然

項目年末調整確定申告
誰がやる?会社(経理部門)自分
対象者会社員・公務員全員(義務 or 任意)
時期11月〜12月翌年2月16日〜3月15日
対応できる控除基礎・配偶者・扶養・生命保険料・地震保険料・住宅ローン(2年目〜)すべての控除
医療費控除✕ 不可◎ 可能
ふるさと納税(6自治体以上)✕ 不可◎ 可能
住宅ローン控除(初年度)✕ 不可◎ 可能
副業所得の申告✕ 不可◎ 必要
還付金12月の給与に上乗せ申告後1〜2ヶ月で振込

会社員でも確定申告が「必要」な6つのケース

  1. 年収2,000万円超 — 年末調整の対象外のため、必ず確定申告が必要
  2. 副業所得が20万円超 — アルバイト、フリマアプリ、投資など副業で年間20万円を超える所得がある場合
  3. 2か所以上から給与を受けている場合
  4. 住宅ローン控除の初年度 — 2年目以降は年末調整でOK
  5. 年の途中で退職して年末調整を受けていない場合
  6. 災害や盗難で雑損控除を受ける場合

確定申告すると「得する」5つのパターン

義務ではないけど、確定申告すれば税金が戻ってくるケースです。

パターン還付の目安対象者
医療費控除(年間10万円超)1〜5万円出産・歯科治療・入院した方
セルフメディケーション税制(年1.2万円超)2,000〜1万円薬局でよく薬を買う方
ふるさと納税(6自治体以上)数千〜数万円多くの自治体に寄附した方
株式の損失の繰越控除数万〜数十万円株で損失が出た方
退職後に再就職していない数万〜十数万円年途中の退職者

特に医療費控除は見落としがち。出産費用、歯のセラミック治療、レーシック手術、通院の交通費なども対象です。家族全員の医療費を合算できるので、意外と10万円を超えるケースは多いですよ。

確定申告のやり方(2026年版)

  1. 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセス(無料)
  2. 源泉徴収票・医療費の領収書・ふるさと納税の証明書を用意
  3. 画面の指示に従って入力(約30分〜1時間)
  4. e-Taxで提出(マイナンバーカード+スマホでOK)
  5. 還付金は1〜2ヶ月後に指定口座に振込

手取り計算機で年末調整後の手取りを確認し、さらに確定申告で取り戻せる金額をチェックしてみてくださいね。

よくある質問

Q. 年末調整と確定申告は両方やっていい?

A. はい、問題ありません。年末調整は会社が行い、確定申告は追加の控除を受けるために自分で行います。両方やることで、年末調整で対応できなかった控除分の税金が還付されます。

Q. 確定申告しなかったらどうなる?

A. 義務があるのに申告しなかった場合は、無申告加算税(原則15〜20%)と延滞税が課されます。任意の場合は罰則はありませんが、還付を受ける権利を失います(5年以内なら遡って申告可能)。

Q. 副業の所得が20万円以下なら確定申告不要?

A. 所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告は必要です。市区町村に住民税の申告書を提出するか、確定申告をするかのどちらかが必要。忘れると住民税の申告漏れになるので注意してくださいね。

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